מערכת "כיפת ברזל" מיועדת ליצור הגנה מפני איום תמ"ס (תלול מסלול), באמצעות יירוט רקטות קצרות טווח. המערכת מתוכננת לתת פתרון הגנה כנגד טווח איומים רחב.

בשל ההתייחסות לפרוייקט כאל פרוייקט חירום, החלה העבודה במטה מערך ההגנה האווירית לקליטת מערכת "כיפת ברזל" במקביל לתהליך פיתוח המערכת.
בשלב הראשון אפיינו את הדרישות מהמערכת, תפיסת הפעלתה, הגדרת משאבי אנוש נדרשים ומבנה היחידה. בשלב הבא נוסד גרעין הקמה שהתערה בתעשיות המפתחות, השתלב בפיתוח בתעשיות והיווה את הבסיס להקמת יחידת "כיפת ברזל" במערך ההגנה האווירית של חיל-האוויר.
עם הקמת היחידה החלה פעילות אינטנסיבית במערך וביחידה שמטרתה להביא את המערכת למבצעיות באופן המתקדם ביותר, וכתיבת נוהלי תפעול ורכישת הידע המקצועי. כמו כן, החלו הדרכות ואימונים על המערכת, ביצוע בדיקות תקניות ובחינת כלל יכולות המערכת, שפיתוחה ממשיך להתקדם לאורך כלל שלבי הקליטה בחיל-האוויר.
במקביל הקים חיל-האוויר את "מנהלת מגן", מנהלה מקצועית שתפקידה להוות הגורם התומך את קליטת היחידה במערך ובחיל, בניין הכוח ואפיון המערכות. "מנהלת מגן", שנכנסה לתפקיד בתחילת 2010, אחראית גם על קליטת מערכי הגנה אקטיבית נוספים כגון "שרביט קסמים".

נקודות הציון בקליטת מערכת "כיפת ברזל":

ניסויים

• ביולי 2009 דווחה מערכת הביטחון על עריכת ניסויים מוצלחים במערכת היירוט, וכי לראשונה המערכת הצליחה ליירט מספר מטרות ולהשמידן.‏
• בינואר 2010 השלימה המערכת ניסוי יירוט מוצלח בדרום ישראל, בו יורטו מספר רב של איומים ובעקבותיו הוחלט שהמערכת בשלה.
• בפברואר 2011 הושלם ניסוי אחרון לפני הפיכת המערכת למבצעית.

הצטיידות

• במרץ 2009 הוקם גרעין ההקמה ליחידת "כיפת ברזל" באגד נ"מ צפון, אשר הורכב ממספר מועט ומובחר של לוחמים, קצינים וטכנאים מכל קצוות המערך. תפקידם היה להשתלב בתעשיות הבטחוניות וכן להכין תשתיות לוגיסטיות ומבצעיות ליחידה.
• במאי 2009 קבע מפקד חיל האוויר, עידו נחושתן, שגדוד של מערך הנ"מ, ששימש כגדוד טילי כתף מסוג סטינגר, יוסב מגדוד נ"מ טקטי ליחידת ההקמה של מערכת "כיפת ברזל".

פריסה מבצעית

במרץ 2011 הוצבה לראשונה סוללה של היחידה באזור באר שבע. באפריל 2011 הוצבה גם סוללה בשטח אשקלון. במערכת הביטחון הודו כי נותרו עוד מספר שבועות עד לבשלות מבצעית, אך עקב ההסלמה באזור הדרום והלחץ הציבורי הוחלט להקדים את לוחות הזמנים ולהציבה. בצה"ל הדגישו כי בשלבים אלו המערכת תבצע "ניסוי מבצעי", וכי המערכות צפויות לנוע בין אתרים שונים בארץ עד להכשרתן הסופית.
באפריל 2011 הצליחה המערכת ליירט לראשונה רקטת גראד שנורתה מרצועת עזה לעבר אשקלון.

טיל יירוט "טמיר": מצויד בראש ביות מתקדם ומספר שטחי ניהוג, המקנים לו כושר תמרון גבוה. תפקידו הוא השמדת המטרה בעודה באוויר. הטיל הנו בעל יכולות גבוהות מאוד והוא מסוגל ליירט כל רקטה מאיימת בזירה. בנוסף, מסוגל הטיל ליירט מטרות בכל תנאי מזג האוויר.

משגר: יחידה עצמאית הפרוסה בשטח, כאשר כל מערכת כוללת מספר משגרים. המשגר הינו נייד, וזמן פריסתו והכנתו עומד על דקות ספורות.

מכ"ם בקרת אש: החיישן העיקרי המשמש לזיהוי מטרות ובקרת אש במערכת "כיפת ברזל". מזהה שיגור של רקטה ומעביר את המידע על מסלול מעופה למרכז הבקרה.

מרכז ניהול היירוטים: הוא לב מערכת "כיפת ברזל", המחשב את מקום הפגיעה הצפוי. תפקידו להביא ליירוט המטרות, ומתוך תמונת האיומים הכוללת, לתעדף מטרות בהתאם למדיניות המוגדרת, ולהביא את המיירט לכדי ביות על המטרה באופן בטיחותי. במרכז ניהול היירוטים ממוקמים הלוחמים המפעילים את המערכת ונמצאים בקשר עם גורמי השליטה והפיקוד הרלוונטים.